Theo đề xuất của Bộ Tài chính và được sự đồng ý của Thủ tướng Chính phủ, tháng 3/2012, Việt Nam đã ký chính thức Hiệp định Hải quan ASEAN mới thay thế cho Hiệp định Hải quan ký năm 1997 cùng với các quốc gia thành viên ASEAN.
So với Hiệp định Hải quan ASEAN ký năm 1997 – Hiệp định chỉ quy định các vấn đề mang tính chất nguyên tắc, sơ lược cho hợp tác và hội nhập Hải quan ASEAN như các nước cam kết thực hiện hài hòa hóa thủ tục hải quan, thực hiện theo Hiệp định trị giá GATT của WTO, thực hiện danh mục biểu thuế hài hòa ASEAN và các lĩnh vực hợp tác khác như trao đổi chia sẻ thông tin thực thi chống buôn lậu thì Hiệp định Hải quan ASEAN ký vừa qua được xây dựng trên cơ sở kế thừa các quy định của Công ước Kyoto sửa đổi theo đó các quy định mang tính chất về nghiệp vụ về thủ tục và quy trình hải quan, ứng dụng công nghệ thông tin và truyền thông trong nghiệp vụ hải quan và kiểm soát hải quan và hỗ trợ hành chính lẫn nhau đã được tổng hợp và đưa ra cụ thể tại Hiệp định. Đồng thời, Hiệp định Hải quan ASEAN cũng được xây dựng theo hướng tổng hợp các cam kết hội nhập kinh tế ASEAN có liên quan đến hải quan đã được thống nhất như cam kết về xây dựng và thực hiện Cơ chế Một cửa ASEAN, cam kết về tạo thuận lợi cho hàng hóa quá cảnh và các cam kết trong khuôn khổ Chương 6 của Hiệp định Thương mại Hàng hóa ASEAN (ATIGA), Nghị định thư về thực hiện Danh mục Biểu thuế Hài hòa ASEAN… Cụ thể, Hiệp định gồm 65 Điều được phân bổ trong 9 Chương như sau:
Chương 1: Các quy định chung. Bao gồm các quy định về mục tiêu, nguyên tắc, phạm vi, việc áp dụng của Hiệp định và các định nghĩa.
Chương 2: Các quy trình và thủ tục hải quan. Bao gồm các quy định về thủ tục hải quan; kiểm soát hải quan; kiểm tra hàng hóa; tờ khai hải quan và việc nộp và đăng ký tờ khai hải quan; giải phóng và thông quan hải quan; trị giá hải quan; thuế hải quan; thủ tục hoàn thuế; ứng dụng quản lý rủi ro trong kiểm soát hải quan; áp dụng kiểm tra sau thông quan; đơn giản hóa quy trình và kiểm soát hải quan; chế độ tạm nhập; các quy định trước; chương trình doanh nghiệp ưu tiên….
Chương 3: Công nghệ thông tin và truyền thông. Bao gồm các quy định về việc áp dụng công nghệ thông tin và truyền thông trong hoạt động hải quan; các yếu tố dữ liệu và thông tin; chia sẻ và bảo mật thông tin và dữ liệu.
Chương 4: Kiểm soát và hỗ trợ hành chính lẫn nhau. Bao gồm các quy định về việc bảo vệ Cộng đồng ASEAN; các lĩnh vực và cơ chế hợp tác và giới hạn phạm vi các hoạt động hỗ trợ hành chính lẫn nhau.
Chương 5: Hợp tác để quản lý phối hợp tại biên giới. Bao gồm các quy định về việc hợp tác với các cơ quan chính phủ có liên quan; việc kiểm soát chung và phối hợp tại biên giới.
Chương 6: Hợp tác với các chủ thể liên quan đến hải quan. Bao gồm các quy định về tính sẵn có của thông tin; tham vấn với khu vực tư nhân; các tiêu chuẩn dịch vụ; hợp tác với tổ chức quốc tế và cộng đồng hải quan quốc tế.
Chương 7: Khiếu nại. Quy định về quyền rà soát và khiếu nại của các cá nhân chịu ảnh hưởng bởi một quyết định của cơ quan hải quan.
Chương 8: Sắp xếp thể chế và tổ chức thực hiện. Bao gồm các quy định về cơ quan chịu trách nhiệm giám sát, rà soát và điều phối việc thực hiện Hiệp định; cơ chế ra quyết định; cơ chế tham vấn và cơ chế giải quyết tranh chấp.
Chương 9: Các điều khoản cuối cùng. Bao gồm các quy định về tính bảo mật; mối liên hệ với các Hiệp định ASEAN khác; việc sửa đổi, bảo lưu và hiệu lực của Hiệp định.
Hiệp định Hải quan ASEAN sẽ có hiệu lực vào ngày 30/9/2012 tới và khi có hiệu lực sẽ chính thức thay thế Hiệp định Hải quan ASEAN năm 1997. Đối với Việt Nam, khi tham gia Hiệp định này, ngoài nghĩa vụ thực hiện đầy đủ các cam kết nêu trong Hiệp định, Việt Nam sẽ có quyền có quyền hưởng những lợi ích nhất định từ các bên ký kết đã phê duyệt Hiệp định như được nhận sự hỗ trợ hành chính tối đa (trong đó có trao đổi thông tin và tình báo) để nhằm ngăn chặn, điều tra và trấn áp các vi phạm liên quan đến hải quan; hàng hóa của Việt Nam xuất khẩu, quá cảnh, chuyển tải qua lãnh thổ của các bên ký kết sẽ nhận được sự tạo thuận lợi nhiều nhất có thể nhờ việc áp dụng các cam kết cụ thể của Hiệp định như đơn giản hóa thủ tục hải quan và quy định kiểm soát hải quan, ứng dụng công nghệ thông tin, quyết định trước, công nhận lẫn nhau Chương trình Doanh nghiệp ưu tiên (AEO), quản lý biên giới phối hợp…
Hiện tại, Hải quan Việt Nam đang tiến hành các thủ tục phê duyệt nội bộ để phê duyệt Hiệp định, đồng thời chuẩn bị xây dựng kế hoạch cụ thể để triển khai thực hiện Hiệp định sau khi có hiệu lực, trong đó công việc trọng tâm sẽ là tiến hành rà soát các nội dung thực thi Hiệp định để hoàn thiện và ban hành một số văn bản quy phạm điều chỉnh các cam kết hợp tác cụ thể nêu trong Hiệp định.