Ngày 02/8/2012, Tổng cục Hải quan đã có văn bản số 3985/TCHQ-GSQL gửi Cục Hải quan các tỉnh, thành phố về việc hướng dẫn thực hiện Thông tư số 117/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn loại hình gia công với thương nhân nước ngoài (gọi tắt là Thông tư số 117/2011/TT-BTC) và Thông tư số 222/2009/ TT-BTC ngày 25/11/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn thí điểm thủ tục hải quan điện tử (gọi tắt là Thông tư số 222/2009/TT-BTC).

            Sau khi có ý kiến của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan hướng dẫn thực hiện thống nhất như sau:

            - Đối với những hợp đồng gia công thực hiện theo phương thức thủ tục hải quan truyền thống thì thực hiện theo Thông tư số 117/2011/TT-BTC.

            - Đối với những hợp đồng gia công thực hiện theo phương thức thủ tục hải quan điện tử:

            + Về hồ sơ hải quan điện tử, cách thức tiến hành thủ tục hải quan điện tử: thực hiện theo Thông tư số 222/2009/TT-BTC.

            + Về chính sách, cơ chế quản lý:

            Trong khi Thông tư 222/2009/TT-BTC chưa có văn bản thay thế, những nội dung liên quan đến chính sách, cơ chế quản lý đối với hàng gia công với thương nhân nước ngoài, Bộ Tài chính đã bổ sung, sửa đổi tại Thông tư số 117/2011/TT-BTC theo yêu cầu của Nghị quyết số 25/NQ-CP ngày 2/6/2010 và Nghị quyết số 68/NQ-CP ngày 27/12/2010 của Chính phủ; những nội dung Thông tư số 117/2011/TT-BTC đã cải tiến để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp thì thực hiện theo Thông tư số 117/2011/TT-BTC. Cụ thể:

            1. Giải thích từ ngữ về “Tỷ lệ hao hụt nguyên liệu hoặc vật tư” tại khoản 6c Điều 1 và giải thích từ ngữ về “Máy móc, thiết bị, dụng cụ trực tiếp phục vụ gia công” tại khoản 8 Điều 1;

            2. Về thời gian tiếp nhận hợp đồng gia công được hướng dẫn tại khoản 2 Điều 7;

            3. Việc kiểm tra cơ sở sản xuất được hướng dẫn tại điểm b khoản 2 Điều 7 và khoản 4 Điều 8;

            4. Thông báo, điều chỉnh và kiểm tra định mức được hướng dẫn tại Điều 9. Riêng định mức bình quân chỉ áp dụng khi Cục Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan nâng cấp phần mềm.

            5. Loại hình đăng ký tờ khai, cơ chế quản lý, chính sách thuế đối với nguyên liệu vật tư tự cung ứng được hướng dẫn tại Điều 12;

            6. Việc sử dụng hóa đơn xuất khẩu hoặc hóa đơn giá trị gia tăng đối với xuất nhập khẩu tại chỗ sản phẩm gia công và giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp được hướng dẫn tại Điều 16 và Điều 18;

            7. Việc chuyển nguyên liệu, vật tư; máy móc, thiết bị thuê, mượn theo chỉ định của bên đặt gia công sang hợp đồng gia công khác trong quá trình thực hiện hợp đồng gia công được hướng dẫn tại Điều 19;

            8. Hồ sơ thanh khoản; gia hạn nộp hồ sơ thanh khoản; thời hạn tiếp nhận, kiểm tra, đối chiếu hồ sơ thanh khoản; xác nhận hoàn thành thủ tục thanh khoản hợp đồng gia công được hướng dẫn tại khoản 1, điểm b khoản 2, khoản 4, khoản 6 Điều 21.

            Riêng phương pháp kiểm tra đối chiếu thanh khoản hướng dẫn tại khoản 3, Điều 21 chỉ áp dụng sau khi Cục Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan nâng cấp phần mềm.

            9. Xử lý quá hạn nộp hồ sơ thanh khoản và quá thời hạn làm thủ tục nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị tạm nhập được hướng dẫn tại Điều 22;

            10. Chuyển nguyên liệu vật tư dư thừa, máy móc thiết bị thuê, mượn sang hợp đồng gia công khác theo chỉ định của bên đặt gia công được hướng dẫn tại điểm c, khoản 2 Điều 23.

            11. Xử lý thanh khoản đối với những tờ khai nhập khẩu theo loại hình nhập khẩu sản xuất xuất khẩu để cung ứng cho hợp đồng gia công đăng ký trước ngày Thông tư số 117/2011/TT-BTC có hiệu lực; những hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công được tiếp nhận trước khi Thông tư số 117/2011/TT-BTC có hiệu lực nhưng thanh khoản vào thời điểm Thông tư số 117/2011/TT-BTC có hiệu lực hướng dẫn tại khoản 2, khoản 3 Điều 32.