Kế hoạch cải cách, phát triển hiện đại hóa ngành với mục tiêu đổi mới, hiện đại hóa một cách mạng mẽ, toàn diện các mặt công tác Hải quan nhằm nâng cao năng lực quản lý, tạo thuận lợi cho hoạt động giao lưu thương mại và thực hiện đầy đủ các cam kết Quốc tế.

        Yêu cầu đặt ra là ngành Hải quan phải quản lý lượng hàng hóa XNK, l­ượng hành khách, ph­ương tiện vận tải XNC ngày càng gia tăng. Dự báo hoạt động buôn bán vận chuyển ma tuý, chất gây nghiện, vũ khí, văn hóa phẩm đồi truỵ, phản động ngày càng gia tăng và phức tạp hơn, xuất hiện những hình thức buôn lậu và gian lận mới như: vi phạm bản quyền, xâm phạm sở hữu trí tuệ, vi phạm trong lĩnh vực công nghệ thông tin, rửa tiền, buôn lậu động thực vật quý hiếm… Nhưng số lượng cán bộ công chức Hải quan không thể tăng theo tỷ lệ thuận. Trong khi đó, hoạt động quản lý Nhà nước về Hải quan vẫn phải đảm bảo tạo thuận lợi, thông thoáng cho hoạt động XNK, đầu tư, du lịch, dịch vụ... như thủ tục hải quan phải đơn giản, minh bạch, cung cấp thông tin nhanh chóng, công khai, đặc biệt là phải thông quan nhanh, giảm thiểu chi phí cho doanh nghiệp, tạo môi trường thu hút đầu tư nước ngoài nhằm đạt được các mục tiêu phát triển kinh tế xã hội của Đất nước đến năm 2010 liên quan đến hoạt động quản lý Nhà nước về Hải quan và thu ngân sách và yêu cầu cải cách nền hành chính Quốc gia. 

        Xuất phát từ yêu cầu hội nhập và xu hướng phát triển của Hải quan quốc tế cũng như khu vực, Hải quan Việt Nam cần phải thực hiện đầy đủ các cam kết quốc tế liên quan đến Hải quan Trong khuôn khổ WTO, ASEAN, APEC, ASEM, WCO và  các tổ chức Quốc tế khác, Việt Nam cần phải đảm bảo hệ thống pháp luật về hải quan đầy đủ, thống nhất, rõ ràng và công khai, phù hợp với các cam kết quốc tế; đảm bảo cho các quy định của pháp luật hải quan được thực hiện nghiêm chỉnh, bình đẳng cho mọi đối tượng. Bên cạnh đó, cũng cần nhìn nhận sự phát triển của Hải quan Việt Nam trong bối cảnh phát triển thương mại quốc tế như việc xuất hiện các hình thức bảo hộ mới trong điều kiện thuế ngày càng giảm, yêu cầu về luân chuyển, trao đổi hàng hóa ngày càng nhanh chóng, các loại hình vận chuyển đa phương thức, thương mại điện tử ngày càng phát triển và trở thành phổ biến, sự xuất hiện của các nguy cơ khủng bố quốc tế, tội phạm ma tuý gia tăng...